Pandémie de la Covid19 : Mais où est passé l’indicateur Ro ?

Lors de la saison 1 du COVID 19, l’indicateur vedette a été le taux de reproduction du virus également appelé nombre de reproduction effectif (Ro)* qui caractérise la transmission de la maladie à une autre personne qui devient malade.

Ce fut un des indicateurs majeurs aux mois de mars et avril, il était à ce moment proche de 3; cela voulait donc dire que chaque personne malade en contaminait 3 autres, puis les 3 en contaminaient 9, puis 27, puis 91, puis 273 …. Résultat, en quelques jours ce sont plusieurs milliers de malades à traiter avec des taux d’hospitalisations, de passage en réanimation et de décès très important. Entrainant le risque important et rapide de saturation des hôpitaux. C’est ce qui a justifié le confinement.

En mars et avril, les spots télé se sont succédés pour expliquer l’importance de respecter les gestes barrières et le confinement pour empêcher l’accélération de la pandémie, avec des beaux schémas nous montrant que plus le taux Ro baisserait, plus la courbe serait plate et plus les hôpitaux seraient préservés de la saturation. Il a été présenté comme un « indicateur phare » à suivre pour savoir si l’épidémie était en croissance ou en régression. Et il était cité chaque soir au point presse spécial COVID.

Au 15 mars 2020, juste avant le confinement de la France et le pic de l’épidémie, le Ro effectif avait été estimé à 2,8. Il a ensuite baissé progressivement pour atteindre 0,8 le 11 mai 2020 au début du déconfinement et était descendu à 0,73 selon le bilan de Santé Publique France du 11 juin. Objectif atteint !

On en parle encore en juillet, car le taux est en hausse dans plusieurs régions. Il vient de repasser au-dessus de 1 à 1,05 pour le national et pour la nouvelle Aquitaine il est à 1,32. C’est aussi le moment où on nous annonce régulièrement dans les médias, par les épidémiologistes, voir les élus l’arrivée de la dite « seconde vague » (… qui n’est heureusement pas venue à ce moment-là).

En août un nouveau pic pour le Ro apparait et personne n’en parle. Tout le monde est maintenant polarisé sur les tests et le nombre de positif. Et pour les médias il est plus facile d’annoncer les milliers de nouveaux positifs – pour annoncer la potentielle seconde vague qui arrive. Pendant ce temps, la France a un Ro « national » a 1,33, l’Ile de France est à 1,35, PACA à 1,62. Après une progression du R tout au long de l’été, à partir du 15 août, la baisse s’engage partout.

Dans le même temps l’indicateur Ro a disparu de la communication gouvernementale et des médias. Il reste néanmoins accessible dans le point épidémiologique hebdomadaire que propose « Santé publique France », ce qui montre que ce critère reste d’actualité. Il a même été complété depuis ces dernières semaines par des indicateurs R suite au passage aux urgences et aux hospitalisations. Ils sont tous à la baisse.

Au 27 septembre 2020 ; En France métropolitaine, le nombre de reproduction calculé à partir des données virologiques (SI-DEP) est égal à 1 : 1,00 (intervalle de confiance, IC95% : 1,00-1,01), estimation en baisse par rapport à celle produite la semaine précédente (1,06). Le R calculé à partir des données de passages aux urgences (OSCOUR®) devient inférieur à 1 : 0,88 (IC95% : 0,85-0,90) en forte baisse depuis 2 semaines avec un passage de 1,4 à 0,88, revenant ainsi proche du taux du 11 mai, jour du déconfinement.
Paris est à 1,02 et Les Bouches-du-Rhône sont à 0,85, confirmant la tendance de la semaine précédente. (Sources Santé publique France)

Pourquoi ignorer cet indicateur hier majeur ? Il offre pourtant des espoirs pour la suite de ce rebond épidémique. Mystère ou pas mystère, chacun y trouvera ses raisons.

Philippe Rouger

* Le nombre de reproduction R (nombre moyen de personnes infectées par un cas) est estimé selon la méthode de Cori [1], avec une fenêtre temporelle mobile de 7 jours. Il permet de suivre les tendances récentes de la dynamique de transmission. Les estimations régionales sont désormais produites à partir des données virologiques du dispositif SI-DEP (nombre quotidien de tests PCR positifs), des passages aux urgences (OSCOUR® ) et des hospitalisations pour COVID-19 rapportées dans SI-VIC. Le R effectif estimé à partir de ces données est un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (intégrant le délai entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours). L’indicateur SI-DEP peut être instable notamment lorsque l’incidence est faible car il est influencé par les actions locales de dépistage. Les indicateurs calculés à partir des données de passages aux urgences et des hospitalisations sont plus stables, mais montrent des tendances plus tardives. Une valeur supérieure à 1 est en faveur d’une tendance à l’augmentation du nombre de cas et une valeur inférieur à 1 est en faveur d’une tendance à la réduction du nombre de cas. (Source Santé Publique France)